基因组编辑技术的研究进展，增加了这样一种可能性：不需要引入外源基因，就可以对水果和其他作物进行遗传改良。如果人们意识到这些生物技术的新颖不同之处，基因编辑的水果可能就会比转基因生物（GMOs）获得更大的社会认同，尤其是在欧洲。这可能意味着，GMOs的基因编辑版本——如产生更多*的“超级香蕉”和切开后不会变褐色的苹果等新奇品种，可能会出现在杂货店架上。简单地避免导入外源基因，可使基因编辑作物比插入外源基因的转基因作物更加的‘天然。
例如，通过微小的遗传调节，增加或降低植物细胞已经制造的天然成分的数量，可以改变水果的特性。在今天，因为CRISPR、TALEN等等新工具的出现，也因为广泛和不断增长的水果基因组知识，水果的基因组编辑已经成为可能。
到目前为止，基因编辑工具还未应用到水果作物的遗传改良。大多数转基因水果作物，是通过利用植物细菌导入外源基因开发出来的，而且只有木瓜已经商业化，在某种程度上是因为欧盟的严格监管。研究人员说，基因编辑植物，是通过插入、删除或改变现有感兴趣的基因来改良作物，根据欧盟委员会和成员国监管机构的解释，甚至可能被视为非转基因改造。
水果作物只是基因编辑生物（GEOs）几十个未来可能的应用程序中的一个例子。这将为开发具有优良品质的作物，并可能允许它们在目前转基因生物遭到严厉批评和争议的国家中商业化，打开一条新的途径。希望人们能够理解，通过生物技术的作物育种，不仅仅局限于转基因生物。外源基因转移是改良作物的*步，但是基因编辑生物将作为一种‘自然’策略，把生物技术用于未来的农业可持续发展。