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芯片和降解组测序揭示掌叶半夏miRNAs新信息掌叶半夏（Pinellia pedatisecta）是中医中zui重要的中草药之一，可治肿毒，具有止呕，化痰，消肿，止痛等功能。MicroRNAs（miRNAs）是内源性非编码小RNA，在植物基因表达调控中发挥关键作用。但目前在miRBase上仍没有掌叶半夏的microRNAs信息，并且对其相关生物学功能的研究仍然不足。近日，浙江理工大学的徐涛教授的团队对掌叶半夏的miRNAs进行了深入研究，研究成果发表在9月刊的PLoS One上。
为了检测掌叶半夏中的miRNA并分析其与半夏miRNA的表达差异，研究人员根据miRNAs的保守性，从miRBase数据库上搜集了43个植物物种的成熟体miRNAs序列，采用定制化miRNA芯片对掌叶半夏的miRNAs进行检测（定制化miRNA芯片服务由联川生物完成）。从掌叶半夏和半夏中检出共有的属于22个miRNA家族的101个miRNAs，其中有21个miRNAs在两个品种间存在表达差异。研究人员进一步对差异表达miRNAs的靶基因进行GO富集分析，发现这些miRNAs主要影响复制，转录因子活性和植物发育过程。
为了阐明miRNA的靶向调控功能，研究人员从掌叶半夏叶子中构建了一个降解组文库，并对其进行高通量测序（降解组测序服务由联川生物完成）。结果表明，共有18个转录本被鉴定为miRNA的靶基因，进一步分析表明，miR156和miR529可能共同抑制SPL14（SBP-box基因家族）发挥作用。
本研究为进一步研究掌叶半夏中miRNA与其靶基因的调控作用打下了扎实的基础。