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检测DNA损伤的方法有很多，根据其原理大致可以分为3类： 基于损伤DNA理化性质的改变检测DNA损伤、基于分子杂交检测DNA损伤以及基于DNA损伤后形成的产物检测DNA损伤。

前两种方法是基于荧光标记直接观测DNA的损伤情况，而基于DNA损伤后形成的产物检测DNA损伤是通过标记物的检测间接反映DNA的损伤程度。

DNA损伤过程中可形成某些特定的损伤产物，可通过检测损伤产物（磷酸化H2AX、8-OHdG等）来评估DNA损伤。也可标记损伤DNA，如末端脱氧核苷酸转移酶介导的脱氧尿苷三磷酸标记（terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP nick end labeling，TUNEL），通过标记物的检测间接反映DNA的损伤程度。