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清除脂类氢过氧化物
GSH-Px的主要作用是清除脂类氢过氧化物。GSH-Px可催化LPO分解生成相应的醇 ,防止LPO均裂和引发脂质过氧化作用的链式支链反应 ,减少LPO的生成以保护机体免受损害。 
清除H2O2
脑与精子中几乎不含过氧化氢酶，而含较多的GSH-Px，代谢中产生的H2O2可以被GSH-Px清除。即使含过氧化氢酶较多的组织，仍需GSH-Px清除H2O2，因为在细胞中过氧化氢酶多存在于微体，而在胞浆和线粒体中却很少，组织中较多的GSH-Px可及时清除H2O2；如有的病人缺乏产生过氧化氢酶的基因，但GSH-Px可清除H2O2，故H2O2损伤组织不明显。 
减轻有机氢过氧化物对机体的损伤

大鼠谷胱甘肽过氧化酶(GSH-Px)ELISA试剂盒

在病理生理情况下，活性氧如•OH可能诱发脂类过氧化，除了直接造成生物膜损伤外，还可以通过脂类氢过氧化物与蛋白质、核酸反应，使机体发生广泛性损伤。如果GSH-Px清除脂类氢过氧化物能力不受影响，机体的损伤就可减轻。除了脂类氢过氧化物外，还可能出现其他有机氢过氧化物，如核酸氢过氧化物、胸腺嘧啶氢过氧化物，这两者属于致突变剂，GSH-Px清除有机氢过氧化物的作用可降低致突发生率。脂类过氧化也是细胞老化的原因之一，预防脂类过氧化可延缓细胞老化，所以GSH-Px在预防衰老方面起到重要作用[7]。 
参与前列腺素合成的调节
前列腺素在体内分布较广，其合成原料为花生四烯酸。但在环氧酶与脂氧合酶的作用下，花生四烯酸尚可氧化成某些氢过氧化物(ROOH)。这些氢过氧化物显著干扰前列腺素的生物合成。在GSH-Px的作用下，ROOH可转变为无活性物质(ROH)，故GSH-Px对前列腺素的生物合成起到调节作用。 
其他作用
硒和GSH系统在氧化防御反应中起着关键作用。其他含硒蛋白也有抗氧化特性。硒蛋白和有机硒复合物可以催化过亚硝酸盐反应生成NO2，在预防过亚硝酸盐的生成中也起着重要作用，可以保护细胞免受过亚硝酸盐的损害。

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