如果或超因实验室改造或长时间休息而长期停用，则必须采取一定的维护措施，以便日后正常运行，并保证实验能够正常进行。

1. 停机处理

如果非使用期为1周至10天，且电力和水源不受影响，则系统可以继续运行，就能继续获得稳定的纯水水质。若是进行水管管路调整工程，系统必须停止，此时应关闭纯水系统的供水开关和电源，并断开与供水的连接。水箱中的纯水会因长期放置导致水质下降，所以必须排空。

2. 开机处理

停用期结束后，再次使用纯水系统时要注意检查供水水源的水质，尤其是水管工程维修后，因为供水中会混入很多污染物。因此，应先打开供水源的水龙头，将自来水充分排出，然后与纯水系统连接，启动系统。

如果采取上述对策后系统仍不能正常运行，则可能是停机期间各种纯化柱和滤膜堵塞造成的。因此，应更换有问题的部件。

3. 纯水系统取水

从纯水系统取水时，应注意避免二次污染。尤其是系统中的当地水容易受到污染。因此，在使用超纯水时，应“即取即用”。

4. 日常维护

及时更换低成本的预处理柱是降低使用成本的有效途径。对于，应该定期校验系统内置的电阻率监测仪，确保电阻率读数正确，并根据电阻率监测数据，超纯柱的过水量和使用时间(一般不超过2年)决定是否更换超纯化柱。