与传统的水消毒方法(如氯气或紫外线消毒)相比，臭氧发生器用于水处理会有更好的效果。首先，臭氧比任何其他消毒方法更能有效地灭活病毒和细菌，而且接触时间非常短，从而减少了整个处理过程的停留时间，没有化学残留物，没有二次污染。

水处理用臭氧发生器由于氧化电位高，能有效降解微生物和病毒，破坏细胞膜，破坏细菌所需的生物分子成分。臭氧可以用来氧化细胞脂质双层中的碳氢化合物，杀死被污染的微生物。

　　由于臭氧在水中会自然分解，因此使用臭氧基本上没有有害残留物。 只要消毒过程中的其他过程成功地减少了废水中的颗粒，臭氧处理也可以防止微生物的重新生长。 由于不需要运输或处理臭氧，因此需要通过水处理臭氧发生器在现场生产，从而消除了与化学处理有关的健康和环境问题。

　　臭氧化将实现有效的消毒，通常使用CT值(浓度乘以时间)来测量消毒效率。 臭氧和氯化代用品之间的灭菌比较比较列出了一系列细菌的CT值。

　　大多数孢子具有更强的抵抗力，它们的CT值通常比活性形式高10到15倍。 但是在大多数情况下，有一个“阈值”进行消毒。 迄今为止，治疗对微生物的影响仍然非常有限或非常低。 但是，超过阈值，相同物种的所有微生物将被破坏。