环境保护一直是我们重视的问题，其中原水质量下降、管网年久失修和突发水质事件等相关问题，水正饱受威胁。水质在线监测可以帮助我们、及时地掌握水质信息，有效用水隐患。随着我国水环境监测工作的展开及监测项目的不断扩展，水质监测工作需多方面提高，将其发挥价值，以保障水环境和饮用水等方面的水质。
即便如此，水质在线监测工作还是存在一些问题，可概况以下几点：
1）缺乏针对性的水质检测标准
目前我国执行统一的水质检测标准，未考虑到不同地区、不同水体存在差异性。
以饮用水为例子，对于污染程度较为严重、水源状况较为复杂的地区，即使对水质进行了全分析，仍可能存在某些污染物未被祛除的情况，需要对一些针对性更强的细化指标再做测定；对于水源质量较好的地区，对其进行的分析则是监测资源的浪费。
2）监测成本高昂，难以推广
水质检测所用仪器大多属精密仪器，造价高昂且后期维护成本也是一笔不小的支出，所以只有一些大型的水质监测中心才有能力配齐所有仪器。一些中小城市、农村地区的监测能力也因此受限。这在一定程度上导致了范围内水质监测中心分布不均、监测水平存在差异。
3）第三方检测机构水平参差不齐，难以统一管理
为推进地表水环境质量监测事权上收工作，2017年10月起启动地表水采测分离工作，由第三方监测机构负责采样工作，并将水样加密后送至监测分析中心。此种做法虽然在一定程度上提高了水质信息的可靠性，但由于第三方机构的水平各有不同，在实际操作中的不规范会导致水质信息的不准确。另外，由于主管部门目前主要通过招投标的方式选择第三方检测机构，低价竞争的现象也随之而来，在一定程度上影响了水质检测工作的质量，对水质数据造成负面影响。
4）精密设备过度依赖进口
水质监测所用仪器大多属精密仪器设备，我国在精密仪器设备制造方面较发达还有一定差距，虽然检测仪器的国产化已经有了很大进步，但精密设备仍然主要依赖进口，造成检测成本高昂。