水环境监测的程序一般为：
（1）对监测区域有关水环境情况调查分析，主要调查各种污染源及其排放情况和自然与社会环境特征，包括：地理位置、地形地貌、气象气候、土壤利用情况以及社会经济发展状况。
（2）监测断面、采样点(站网)优化布设，采样点布置得是否合理，是能否获得有代表性样品的前提，应予以充分重视。
（3）采样点的水样采集与保存；根据待测指标采取适当的样品采集方法和保存措施。
（4）水样的环境指标测定(化验分析)，根据样品特征及所测组特点选择适宜的分析测试方法。
（5）测定数据的整编与刊布，由于监测误差存在于环境监测的全过程，只有在可靠的采样和分析测试的基础上，运用数理统计的方法处理数据，才可能得到符合客观要求的数据。