选择哪种细胞转染方法通常需要综合多方面的考虑因素，比如靶向的细胞类型，传递的分子种类，以及转染效率哪家强等等诸如此类的问题。

来自上海泛柯生物有限公司研究人员认为，“zui吸引人的方法就是zui简单的方法，即化学转染方法"。

大体来说，传统的化学和物理转染方法就能满足大部分研究人员的需要，因为一般的科研采用的都是易于转染和培养的细胞系。但是这些方法常常是有毒的，而且当面对原代细胞、干细胞或其他难转染的细胞类型的时候，化学方法的转染效率就较低了。相对来说病毒载体方法对范围较广的细胞类型，转染效率就相当高了，不过这种方法又存在耗时耗力，操作人员需要特殊准备措施的问题。

当然方法总是比问题多，目前一些转染产品公司已经开始更率的转染方法和易于操作的细胞。比如说，今年一月，Life Technologies 就推出了一种新产品：Lipofectamine 3000，这是一种针对“难以转染细胞，以及原代细胞"的产品，在保证转染效率的同时也提高了细胞存活率（Lipofectamine 3000 可申请试用装）。

还出了一种转染试剂，适用于特别难以转染的细胞类型，如皮肤细胞、神经细胞、乳腺癌细胞，以及血细胞。

更令人关注的是一些科学家们也创新性的发现全新的细胞转染方法，这种方法不仅能用于核酸分子，而且也可以携带譬如小分子和蛋白的新材料类型。