研究基因组的原理
时间:2016-05-19 阅读:194
ELISA试剂盒科学家们在肠道菌群中大规模分析了菌种内部的基因变异。
人类消化道中居住着大量的微生物,它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。
我们知道肠道菌群的菌种组成是因人而异的,而一项大规模宏基因组进一步揭示了微生物组惊人的复杂性。
了解菌株水平上的多样性,对于理解肠道菌组成及其对健康和疾病的影响,是非常关键的。
研究团队将人类微生物组作为一个复杂的系统进行研究,开发了分析微生物组数据的复杂计算方法。这种方法可以在多种肠道菌中分析菌株水平上的遗传变异。
同种细菌的不同菌株之间,基因或基因拷贝数会出现很大的差异。这种基因拷贝数变异能显著改变菌株的多种能力,包括耐药性、毒力、从环境摄取生化分子、分解物质获得能量、移动方式等等。这些因素决定着菌株的生活方式,能对人类宿主的健康产生影响。
我们可以直接根据法宏基因组数据,在群体中评估菌种中给定基因的拷贝数变异。
通过计算分析定位了每个序列的菌种来源,发现在一百多人的微生物组中,有几十个菌种的五千多个基因存在着显著的拷贝数变化。这样的基因出现在他们所分析的每个菌种中,有些菌种近四分之一的基因都存在拷贝数变异。
这项研究为人们展示了微生物组的广泛菌株差异,并且鉴定到了一些新菌株。研究显示,这种基因拷贝数变异与细菌的运动能力、物质运输和能量获取有关。菌株水平的多样性体现了微生物对肠道环境变化的快速适应。
研究人员还发现,一些菌株的基因拷贝数变异与肥胖症、炎症性肠病等疾病有关,具有一定的临床意义。我们希望这项研究能鼓励人们从一个新的角度研究肠道微生物组,将其视为一个高度适应性的复杂系统,帮助人们通过操纵肠道菌的组成和功能来进行疾病管理。
CAB39L 钙结合蛋白样39抗体
CEAM3 癌胚抗原相关细胞粘附分子3抗体
C20orf31 20号染色体开放阅读框31抗体
CLUAP1 成簇相关蛋白1抗体
CTAG2 肿瘤/睾丸抗原2抗体
CTAG1B 肿瘤/睾丸抗原1B
CTAGE5 皮肤T细胞淋巴瘤相关抗原5抗体(脑膜瘤表达抗原6)
CT3 肿瘤/睾丸抗原3抗体
ARMETL1 脑多巴胺神经营养因子抗体
CADPS2 钙依赖分泌激活蛋白2/自闭症的相关蛋白抗体
CCKAR 胆囊收缩素A受体抗体
CBLN3 小脑肽3抗体
CDKL5 周期素依赖性激酶样5抗体
Alpha chimerin α1-chimaerin蛋白抗体
CSN7b 信号转导蛋白9复合体7b抗体
Calcipressin 1/DSCR 1 钙调神经磷酸酶调节蛋白1抗体(唐氏综合征候选区域蛋白1样蛋白1)