染色是生物显微玻片标本制作中最重要的环节之一。先把破坏细胞膜的选择透过性，再使用染色剂，将生物组织浸入染色剂内，使组织细胞的某一部分染上与其他部分不同的颜色或深度不同的颜色，产生不同的折射率，以便观察。
　　
　　另外，银染法也较常用。当组织块浸入硝xiao酸银溶液中时，有的组织结构能直接把硝xiao酸银还原，使银粒附于其上，呈棕黑色或棕黄色。有些结构本身对硝xiao酸银无直接还原能力，若加入还原剂，可使硝xiao酸银还原沉淀显色。
　　
　　在实验中，为了能够清楚地观察到目标组织或细胞，通常会采用染色的方式进行直观验证。面对形态各异的组织和细胞，研究学者们想到了多种多样的染色方法以佐证自己的实验结果。
　　
　　1、简单染色法—常用碱性染料如美蓝等进行简单染色；
　　
　　2、革兰氏染色法，主要包括结晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脱色以及番红复染四个过程；
　　
　　3、巴氏染色法：本法染色特点是细胞具有多色性颜色，色彩鲜艳多彩。涂片染色的透明性好，胞质颗粒分明，胞核结构清晰，如鳞状上皮过度角化细胞胞质呈橘黄色；角化细胞显粉红色；而角化前细胞显浅绿色或浅蓝色，适用于上皮细胞染色或观察阴道涂片中激素水平对上皮细胞的影响。此方法的缺点是染色程序比较复杂。
　　
　　4、瑞特—吉姆萨染色法（wrightgiemsa atain）；多用于血液，骨髓细胞学检查。胞质内颗粒与核安危质结构显示较清晰。操作简便。
　　
　　5、苏木精—伊红染色法（hemotoxylin eosin，HE）：又称苏木素-伊红染色法，其中苏木素是Hematoxylin，简称H，伊红是Eosin，简称E，这是是普通光学显微镜观察与鉴别细胞凋亡与细胞坏死的一种染色方法。
　　
　　这种方法适用范围广泛，对组织细胞的各种成分都可着色，便于全面观察组织构造，而且适用于各种固定液固定的材料，染色后不易褪色可长期保存。经过HE染色，细胞核被苏木素染成蓝紫色，细胞质被伊红染色呈粉红色。
　　
　　该方法染色透明度好，核与胞质对比鲜明。染色步骤简便，效果稳定。适用于痰液涂片，觖质核呈紫蓝色，胞质淡玫瑰红色，红细胞呈淡朱红色。