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COVID 19 RNA提取丨超强碳化硅RNA提取技术

发布时间:2021/3/12 17:17:45
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冠状病毒所到之处无不令人闻风丧胆,咳咳咳~可能过了一点,不过,草木皆兵,惊弓之鸟这些词也是没跑了。举个例子,你突然感到头晕想吐,或者咳嗽的厉害,再配合体温表一看,38.3°,然后你不会怀疑世界,你只会怀疑自己是不是感染了新-...

 

事实上,这不是你,或者一小撮人的经历,人都是吃五谷杂粮长大的,偶尔感个冒发个烧也挺正常的,以至于在新-冠突然风靡全-球以后,很多人出现了Covid 19的体征和症状,不过检测结果呈阴性,即使没有出现在确诊数据中,也还是可怕的,你有没有想过,问题或许出现在检测上。

 

那么接下来,如果有一种比现行标准方法更准确的检测方法,那可就太好了。

 

COVID 19假阴性:

 

假阴性是研究人员和临床医生在使用当前标准的SARS-CoV-2病毒RNA提取方法时面临的大挑战之一。

 

通过鼻咽拭子或其它样本采集方法采集到样本后,将其存储在病毒运输介质(VTM)或通用运输介质(UTM)中。这就是挑战的开始。培养基常常不能有效地保存病毒RNA,因为它只能在室温下稳定临床样本中的病毒RNA长达3天。这导致病毒RNA的快速降解/碎片化。此外,对于安全处理,VTM/UTM不能使样品无传染性。

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病毒RNA碎片化为何那么重要?目前的RNA提取标准(基于二氧化硅磁珠的技术)不能有效地捕获高度片段化的RNA。这是由于基于二氧化硅的技术倾向于结合更大的RNA序列。如果未完全捕获片段化的病毒RNA,则在基于qRT-PCR的检测中产生假阴性COVID 19结果的可能性将大大提高。

 

COVID 19 RNA提取方法的比较研究:

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这与COVID 19标准化工作流程中的病毒RNA提取方法不一致,因此Norgen团队进行了一项研究,将Norgen的提取方法与基于二氧化硅磁珠的技术进行了比较。目的是确定在捕获SARS-CoV-2片段化病毒RNA的敏感性方面,不同的RNA提取方法是否存在差异。从Boca BiolisticsFL, USA)采购了44份临床鼻咽拭子样本。使用FDA / EUA批准的PerkinElmer?SARS-CoV-2实时RT-PCR检测方法,对样本进行预筛选,确认44份样本为SARS-CoV-2阳性。

 

二氧化硅OR碳化硅?

 

研究了两种RNA提取方法在检测上述44种临床样品中检测SARS-CoV-2病毒RNA的准确性方面的效率。

 

种方法是提取病毒RNA常用的方法,传统的基于二氧化硅磁珠的技术(Zymo ResearchQuick-DNA / RNA Viral MagBead)提取病毒RNA。第二种方法是基于碳化硅的提取方法(Norgen唾液/拭子RNA纯化试剂盒)。

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什么是佳的RNA纯化技术?

 

到这里事情逐渐变得有趣起来。使用这两种方法提取RNA,并使用Norgen2019-nCoV TaqMan RT-PCR KitCat. TM67100)进行qRT-PCR检测,针对CDC推荐的3个基因(N1N2RP)。

 

当比较两种方法的qRT-PCR数据时,我们发现基于二氧化硅磁珠的提取方法对SARS-CoV-2真阳性样本的假阴性率为25%。在另一方面中,和基于二氧化硅磁珠的方法相比,基于碳化硅的提取方法产生了对SARS-CoV-2样本的*的真阳性率和更一致的Ct值。这些结果清楚地表明假阴性结果可以通过使用基于Norgen碳化硅(SiC)的技术而不是传统的基于二氧化硅的技术来进行避免。

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如何改进COVID 19检测中RNA提取流程?

 

碳化硅是一种新型的RNA提取技术,具有出色的RNA结合亲和力——特别是对小的、高度降解的RNA丨片段,如病毒RNA。碳化硅对所有RNA序列具有一致的结合亲和力,对GC的含量或大小没有偏见。此外,碳化硅不需要任何载体RNA或诸如苯酚/lv仿之类的有害化学物质。

 

这意味着什么?

 

检测实验室必须使用准确的技术,以确保可靠报告SARS-CoV-2病毒感染情况。基于标准二氧化硅磁珠的提取方法可能不是检测SARS-CoV-2准确的方法,正如在研究中看到的,假阴性率为25%

 

现在是对整个筛查工作流程的质量进行评估的时候了——从采集生物样本,到病毒RNA提取,再到SARS-CoV-2检测——以终保护人口的健康和安全。

 

文章来源:艾美捷科技

 

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